Kontrola podatkowa – co musisz wiedzieć?

Kontrola podatkowa to postępowanie uregulowane w Ordynacji podatkowej, w ramach którego urząd skarbowy szczegółowo sprawdza prawidłowość wywiązywania się podatnika z obowiązków podatkowych w określonym zakresie. Należy odróżnić ją od odrębnie uregulowanych czynności sprawdzających, które mają uproszczony charakter i służą przede wszystkim sprawdzeniu terminowości składania oraz formalnej poprawności składanych deklaracji oraz wpłacanych podatków.

Temat kontroli podatkowych spędza sen z powiek wielu przedsiębiorcom. W 2025 roku staje się on jeszcze bardziej aktualny – fiskus w swojej pracy coraz intensywniej wykorzystuje narzędzia cyfrowe, takie jak JPK, system STIR czy analitykę danych opartą na sztucznej inteligencji. To oznacza, że urzędy są w stanie szybciej i skuteczniej wytypować firmy, u których mogą znaleźć nieprawidłowości.

Fiskus rozpoczął w 2024 roku około 9 300 kontroli podatkowych – mniej o 23,6% niż rok wcześniej, ale ich skuteczność sięgnęła rekordowego poziomu — aż 98,1% zakończonych kontroli stwierdziło u przedsiębiorców nieprawidłowości. Wzrosła za to o 100 000 liczba prowadzonych czynności sprawdzających, bo tych KAS zakończyła blisko 2,4 miliony, stwierdzając pryz tym zaległości podatkowe w wysokości 8,6 mld zł.

Mniejsza liczba kontroli nie oznacza mniejszego ryzyka — wręcz przeciwnie: każda selekcjonowana kontrola jest coraz bardziej precyzyjna. Skuteczność kontroli zbliżona do 100% stanowi sygnał, że w przypadku wszczęcia kontroli podatkowej organ skarbowy zazwyczaj dysponuje już określonymi informacjami lub ustaleniami dotyczącymi nieprawidłowości podatkowych w rozliczeniach kontrolowanego. Co istotne, kontrola podatkowa nie dotyczy już wyłącznie dużych korporacji. Coraz częściej na celowniku znajdują się także małe i średnie przedsiębiorstwa.

Przebieg kontroli podatkowej

Co do zasady, przed wszczęciem kontroli podatnik otrzymuje zawiadomienie o zamiarze jej wszczęcia – jest to warunek formalny, a wszczęcie nie może nastąpić szybciej niż po upływie 7 dni od doręczania zawiadomienia. Jednak Ordynacja podatkowa przewiduje też wyjątki od tej zasady – m.in. gdy kontrola dotyczy zwrotu VAT, istnieje podejrzenie przestępstwa skarbowego lub gdy opóźnienie mogłoby udaremnić jej cel.

Kontrola podatkowa wszczynana jest poprzez doręczenie podatnikowi upoważnienia do przeprowadzenia kontroli i okazanie legitymacji służbowej kontrolującego. Istotne jest komu doręczane jest upoważnienie oraz co ono zawiera. Warto zweryfikować otrzymany dokument, bo jego kompletność również decyduje o prawidłowym wszczęciu kontroli. Upoważnienie to musi zawierać m.in.:

• oznaczenie organu,
• datę i miejsce wystawienia,
• wskazanie kontrolowanego podmiotu,
• zakres przedmiotowy kontroli,
• imię i nazwisko kontrolującego,
• datę rozpoczęcia i przewidywany termin zakończenia kontroli.

Po okazaniu upoważnienia kontroler może przystąpić do czynności. Kontrola zwykle odbywa się w siedzibie firmy lub w miejscu, gdzie prowadzona jest działalność, choć czasem – w zależności od sprawy – może się odbyć również w urzędzie skarbowym. Przeprowadzenie kontroli nie w miejscu prowadzenia działalności, ale w urzędzie zależy w dużym stopniu od woli kontrolowanego – może się on na taką formę postępowania zgodzić, albo wręcz o nią wnosić. Niejednokrotnie będzie to rozwiązanie łatwiejsze i wygodniejsze dla przedsiębiorcy, gdyż nie będzie w ten sposób zaburzona praca przedsiębiorstwa.

Przepisy obligują podatnika do wypełnienia w trakcie kontroli szeregu obowiązków  i do współpracy z organami, m.in.

• udostępnienia dokumentów i ewidencji na żądanie, umożliwienia dokonywania ich kopii;
• udostępnienie wyciągu z ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych prowadzonych elektronicznie, w tym przekazanie ich na nośniku danych bądź w inny sposób oraz w odpowiedniej strukturze logicznej;
• przedstawienia, na żądanie kontrolującego i na własny koszt, tłumaczenia na język polski sporządzonej w języku obcym dokumentacji.

Podatnik w trakcie kontroli podatkowej ma jednak także szereg praw które warto znać, a które chronią jego interesy i zapewniają uczciwy przebieg postępowania:

• Prawo do znajomości zakresu kontroli – zgodnie z art. 284 § 1 O.p., kontrolujący może prowadzić czynności tylko w ramach upoważnienia. Podatnik ma prawo żądać wyjaśnienia, czego dotyczy kontrola.
• Prawo do reprezentacji przez pełnomocnika – art. 84 § 1 O.p. daje możliwość korzystania z doradcy podatkowego lub prawnika na każdym etapie postępowania.
• Prawo do zgłaszania zastrzeżeń – art. 291 O.p. przewiduje możliwość wniesienia zastrzeżeń do protokołu kontroli w terminie 14 dni od doręczenia.

Dodatkowo podatnik może żądać od kontrolera wyjaśnień dotyczących przepisów prawa, na podstawie których prowadzone są czynności, co pozwala na uniknięcie nieporozumień interpretacyjnych.

Warto pamiętać o swoich prawach i możliwościach działania w trakcie kontroli tak, aby minimalizować związane z nią ryzyko. Do typowych błędów przedsiębiorców w trakcie kontroli, w praktyce należą:

• oddawanie wszystkich dokumentów „na ślepo” – bez wcześniejszej weryfikacji ich kompletności i zgodności,
• brak obecności pełnomocnika – przedsiębiorcy często nie korzystają z doradcy podatkowego, co może prowadzić do niekorzystnych ustaleń lub błędnej interpretacji przepisów przez kontrolera,
• nieprzygotowanie wyjaśnień do protokołu – nieprzeanalizowanie dokumentów i brak argumentacji formalno-prawnej w momencie zgłaszania zastrzeżeń.

Warto mieć to na uwadze szczególnie, że czasu na reakcję nie jest dużo. Czas trwania kontroli w przypadku przedsiębiorców ograniczony jest przez art. 55 ustawy – Prawo przedsiębiorców. Limit ten zależy od wielkości podmiotu i wynosi w roku kalendarzowym:

• 12 dni roboczych dla mikroprzedsiębiorców,
• 18 dni roboczych dla małych przedsiębiorców,
• 24 dni roboczych dla średnich przedsiębiorców,
• 48 dni roboczych dla pozostałych.

Zakończenie kontroli

Efektem przeprowadzonej kontroli jest protokół zawierający m.in. opis ustaleń faktycznych, ocenę prawną i ewentualne stwierdzone nieprawidłowości. Podatnik ma prawo w terminie 14 dni od doręczenia protokołu zgłosić zastrzeżenia lub wyjaśnienia.

Nie należy też ignorować protokołu – brak reakcji może zostać odebrany jako akceptacja ustaleń organu i utrudnić późniejsze odwołanie. To moment kluczowy – warto dokładnie sprawdzić każdy punkt, zestawić go z własną dokumentacją i przygotować rzetelne wyjaśnienia w oparciu o argumentację prawną. Warto sprawdzić, czy kontroler prawidłowo wskazał źródła ustaleń i czy jego interpretacja przepisów jest zgodna z aktualnym orzecznictwem oraz interpretacjami organów podatkowych. Często drobne uchybienia wynikają z niejasności interpretacyjnych przepisów lub literówek w dokumentach, które po prawidłowym wyjaśnieniu nie skutkują sankcjami.

Autor: Łukasz Fiuk, Senior Associate, ADN Doradztwo Podatkowe